BL18U1蛋白质微晶体学线站的数据采集使用高度集成化的MD2衍射仪，自动上样机械手，和高速Pilatus2 6M 探测器等先进设备， 数据收集的软件已经更新为国际通用的MXCUBE3，使数据采集更为方便快速。
BL18U1蛋白质微晶体学线站的数据处理软件有HKL3000, XDS, autoProc, 以及国产软件autoPX。 本线站已经实现了对产生的数据进行自动化处理的管线，即使用xia2-xds, xia2-dials, autoProc, autoPX四个软件对产生的数据进行即时自动化处理，使得用户能够第一时间获知数据的质量，帮助用户决策实验。
BL18U1蛋白质微晶体学线站还配置的完备的结构解析，结构建模和精修软件， 有CCP4套件，Phenix，Pymol， Coot完全能满足用户需求。