软X射线谱学显微光束线站是上海光源一期工程首批建成的七条光束线站之一，采用椭圆极化的波荡器光源，具有较高的光子通量和较好的空间相干性。其光子能量选定在200eV～2000eV之间，此能区覆盖了生物、环境（土壤、矿物质）、聚合物、纳米材料等领域绝大部分重要元素的吸收边，如聚合物中的C、N、O、F的K吸收边，活体细胞中C、N、O、Na、Mg的K边，Cl、K、Ca、Fe、Cu、Zn的L边等。该线站的扫描透射X射线显微术（STXM）将高空间分辨（优于30nm, 结合CDI方法可到10nm）和近边吸收精细结构谱学（NEXAFS）的高化学态分辨能力相结合，可在纳米尺度研究固体、液体、软物质等多种物态的特性。