实验站数据采集通过程序自动化控制，控制程序采用VC架构设计。一般的采集方式为样品移动到指定位置后触发探测器进行X射线投影图像数据的采集。数据采集依据曝光时间的不同，可分为样品连续运动采集和样品步进运动采集。所获得的数据通过缓存存储后或者直接存入探测器采集计算机，后转存至磁盘阵列，如要对数据进行数据重构或者三维显示，数据就转到相应的计算或者图形工作站进行处理。目前用于CT重构的软件为PITRE，三维显示的软件有VGStudio MAX2.2和Avizo/Amira。