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为满足不同用户需求，除普通课题外，SSRF还设置有其他类型课题，形成对普通课题的有效补充。
| 用户类型 | 课题类型 | 申请时间 | 说明 |
| 科研用户 | 普通课题 | 全年（分2次送审） | 详见普通课题申请要点 |
| 紧急课题 | 根据需要 | 用于用户及时补充相关数据，开展具有重要性、开拓性研究工作，紧急课题将主要评审紧急的必要性及其意义，执行后将进行后评估，评估结果进入用户档案备案。（2010年起试行） | |
| 重点课题 | 5月/每年 | 支持在科技/应用领域有重要学术价值的研究，特别是得到国家重大或重点支持的研究项目、学科前沿和国家急需的重大科学问题研究。上海光源每年发布重点课题申请说明，用户根据当年发布的说明进行申报。（2012年起试行） | |
| 奖励机时 | 同普通课题 | 旨在鼓励用户多出成果，出好成果。（2011年起试行） | |
| 专用机时 | 遵循专用线站规则 | 该类机时是由用户投资建设的线站提供，用户需遵循其申请规则。 | |
| 产业用户 | 产业用户课题 | 根据需要 | 按签订合同执行（收费） |
特别说明：
1）紧急课题主要评审课题紧急的必要性及其意义，紧急课题执行后将进行后评估。
2）重点课题除专家函评外，还必须经过专家会评，重点课题连续支持2年，课题执行后将进行后评估。