2009年5月5日，上海应用物理所领导班子换届考核大会在嘉定园区召开，全国人大常委会副委员长、中国科学院院长路甬祥出席大会并讲话，会议由中科院上海分院党组书记、常务副院长华仁长主持，中科院人教局局长李和风、基础局局长李定、上海分院副院长王建宇和上海市委组织部、科技党委等考核组成员17人，上海应用物理所党政领导、党委委员、纪委委员、各部门负责人、支部书记、副高及以上专业技术人员、部分职工代表和离退休老同志代表160余人出席考核大会。会上，所长徐洪杰作本届班子的述职报告，副所长赵振堂、李燕、胡钧作补充述职报告，上海分院财务审计处处长蒋旭芬作经济状况审计公告。

    路甬祥在讲话中，充分肯定上海应用物理所本届领导班子在全所同志们的共同支持、共同努力下所取得的成绩。路甬祥指出，上海光源能够如期的、高质量的建成，值得中国的科技界为之自豪；同时，在两个“一盘棋”精神引领下，上海应用物理所在完成上海光源工程建设任务的同时，保留了核科学与技术、放射化学与辐射化学方面的有生力量，提升了加速器技术的创新能力和建设水平，研究所整体综合实力显著提高。路甬祥强调，未来五年上海应用物理所面临着新的重大发展机遇和挑战，新一届领导班子应紧密结合国家战略需求和国际科技发展形势，加强战略研究和战略规划，抓紧布局和建设光子科学中心、核能与核技术基地，继续发扬上海光源精神，与时俱进地坚持两个“一盘棋”，争取从上海应用物理所走出一个中国的依托大科学工程、依托加速器与核科学技术的跨学科大型研究基地，真正为我院的“三性”贡献、骨干和引领作用的发挥做出一个新的示范点，为我国的可持续发展、科学发展和自主创新能力的全面提升做贡献。

    会后，路甬祥等实地考察了上海应用物理所核技术相关实验室；考核组就上海应用物理所班子换届工作与所有关部门负责人和部分科研人员50余人进行了个别访谈，听取了意见和建议。