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上海光源自2009年5月6日起正式对国内用户开放试运行，于2010年1月13日迎来第1000位用户。
1月13日上午9:00，在上海光源生物大分子晶体学光束线站（17U）举行了简短的第1000位用户欢迎仪式。上海光源工程总经理徐洪杰和中科院上海应用物理研究所所长赵振堂向来到上海光源进行实验的第1000位用户 — 中国科学技术大学的滕脉坤教授表示欢迎，并颁发荣誉证书及纪念品。
上海光源2009年（截止12月31日），首批7条光束线站累计开放机时共计14428小时，实验人员达1520人次。
